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Nanopore簡介

Nanopore定序原理

Nanopore的定序晶片上有鑲嵌生物跨膜蛋白通道 (Nanopore)，通道兩側具有電位差，因此Nanopore中會有電流經過。當雙股DNA開始定序時，會有解旋酶 (Helicase) 將雙股DNA解旋成單股DNA，DNA會以其中一股進入Nanopore中。DNA中每一個核苷酸 (即A、T、C、G) 具有不同化學構型 (鹼基)，所以當DNA進入Nanopore中，會因為帶有不同鹼基而導致電流訊號改變，再藉由電流訊號改變來偵測核酸序列，因此定序過程無PCR擴增反應，可以保留DNA資料庫原始狀態，更能顯示實際DNA Library中基因表現與化學修飾。

影片來源：Oxford Nanopore Technologies官方提供

Nanopore定序優勢

超長讀長

完整組裝人類、細菌、及病毒等不同大小的基因體
精準計算 short tandem repeats 的次數
可分析基因結構變異 (structure variants)
鑑定 allele phasing
分析完整 mRNA isoform

定序過程無PCR擴增

可偵測高 GC 含量序列，無GC bias現象
直接以電流變化分析 DNA 及 RNA 的鹼基修飾
可準確分析基因表現量

Nanopore資訊分析

Nanopore系統軟體整合

Nanopore原廠軟體定期更新
Open source軟體優化，可提供廣泛之分析應用
定期整併原廠軟體與Open source軟體，建立穩定分析pipeline

自行開發演算法

具博士級資訊工程師，可優化Nanopore原廠軟體
資訊團隊具軟體開發能力，可開發Nanopore專用軟體
自行開發軟體，大幅提高細菌基因體序列正確率

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